国家蛋白质科学基础设施-北京基地项目位于昌平区生命园路中关村生命科学园9号地。国家蛋白质科学基础设施-北京基地又称“凤凰工程”（以下简称“凤凰工程”），由军事医学科学院联合清华大学、北京大学、中国科学院生物物理研究所共同承建，是我国生命科学领域最大的单体项目，是我军后勤系统承建的第一个国家重大基础设施，将成为北京市军民融合的示范性工程、中关村生命科学园的标志性建筑。
“凤凰工程”总部用地面积2.53万平方米，科研大楼建筑面积3.73万平方米，并根据需求设计蛋白质组分析系统、蛋白质结构解析系统、蛋白质功能研究系统等不同的功能分区。根据规划，军事医学科学院将承担凤凰工程总部的设施建设，清华大学、北京大学分别承担以冷冻电镜、高频核磁为主的辅助设施建设，同时吸纳中科院生物物理所现有的蛋白质研究平台，组建国家蛋白质科学中心（北京），共同打造一流的世界蛋白质科学研究核心基地。
